Kraj Vysočina (původním názvem Jihlavský kraj) leží na pomezí Čech a Moravy. Na severu sousedí s Pardubickým krajem, na jihovýchodě s Jihomoravským krajem, na jihozápadě s Jihočeským krajem a na severozápadě se Středočeským krajem. Na jihu se téměř přibližuje k hranici Rakouska, ale nedosáhne na ni. Je jedním ze tří vnitrozemských krajů v Česku. Vysočina a hlavní město Praha jsou jediné dva samosprávné kraje v Česku, které nemají v názvu stanoveném ústavním zákonem slovo „kraj“.
Podle některých pramenů leží geografický střed Evropy na území kraje Vysočina poblíž vrchu Melechov na západě okresu Havlíčkův Brod v blízkosti Stvořidel na řece Sázavě.
Území kraje je vymezeno územími okresů Havlíčkův Brod, Jihlava, Pelhřimov, Třebíč a Žďár nad Sázavou.
Dne 1. ledna 2005 byla z okresů kraje Vysočina převedena pod okres Brno-venkov v Jihomoravském kraji řada obcí západně od Tišnova (Nedvědice s katastrálním územím Pernštejn; Černvír; Doubravník s katastrálním územím Křížovice; Borač s katastrálním územím Podolí; Pernštejnské Jestřabí s katastrálním územím Maňová, Husle a Jilmový; Olší s katastrálním územím Litava, Klokočí a Rakové; Drahonín; Žďárec s katastrálním územím Vickov; Vratislávka; Tišnovská Nová Ves; Skryje; Kaly s katastrálním územím Zahrada; Dolní Loučky s katastrálním územím Střemchoví; Horní Loučky; Újezd u Tišnova; Řikonín; Kuřimské Jestřabí s katastrálním územím Blahoňov; Kuřimská Nová Ves; Lubné; Níhov; Rojetín; Borovník; Posatín; Katov; Křižínkov) a obec Senorady západně od Oslavan.
Začátkem roku 2003 zanikly okresní úřady a kraje se od té doby pro účely státní správy dělí na správní obvody tzv. obcí s rozšířenou působností, jimiž je kromě pěti okresních měst ještě těchto dalších deset obcí: Pacov, Humpolec, Světlá nad Sázavou, Chotěboř, Nové Město na Moravě, Bystřice nad Pernštejnem, Velké Meziříčí, Náměšť nad Oslavou, Moravské Budějovice, Telč. Tyto správní obvody se dále dělí na správní obvody obcí s pověřeným obecním úřadem.
V kraji je po přesunu obcí 703 obcí, z toho 15 obcí s rozšířenou působností a 26 obcí s pověřeným obecním úřadem. Sídelním městem kraje je statutární město Jihlava.
